內(nèi)戰(zhàn)暴發(fā)后，中共中央決定：先將一部分機(jī)關(guān)人員和文件材料撤出延安，轉(zhuǎn)移到安全地帶。黨中央疏散檔案的原則是：機(jī)密的和重要的由專人攜帶，武裝保護(hù)；重要而不機(jī)密的要轉(zhuǎn)移到陜北山區(qū)堅(jiān)壁起來(lái)；確實(shí)不重要但比較敏感的事務(wù)文件可以燒毀。

由于有的機(jī)關(guān)積存的文件資料平時(shí)沒(méi)有分類存放，給戰(zhàn)時(shí)疏散工作帶來(lái)了麻煩，從而出現(xiàn)了驚慌失措或銷(xiāo)毀不該銷(xiāo)毀文件資料的現(xiàn)象。此事被毛澤東知道后，立刻派相關(guān)人員到有關(guān)單位檢查，并傳達(dá)他的指示：“疏散檔案不要驚慌失措，確實(shí)不重要的文電可以燒毀，重要文電一定要保護(hù)好，片紙只字也不要落入敵人之手?！边@之后，各機(jī)關(guān)都加強(qiáng)了機(jī)要保密工作，同時(shí)杜絕了濫燒文件的現(xiàn)象。

1947年3月20日，周恩來(lái)下令：中央的電臺(tái)停止工作3天。3月24日，周恩來(lái)親自起草了中共中央軍委致各野戰(zhàn)軍負(fù)責(zé)人的電報(bào)：“蔣敵有測(cè)電臺(tái)方向的設(shè)備......但對(duì)小電臺(tái)因電波弱，不易辨別。因此，愿你們?cè)谧鲬?zhàn)前部署期間及作戰(zhàn)中，均不用無(wú)線電傳達(dá)，或?qū)⑺玖畈吭瓕僦箅娕_(tái)移開(kāi)，改用小電臺(tái)……以迷惑敵人”。

1947年9月1日，在轉(zhuǎn)戰(zhàn)途中，周恩來(lái)再次起草中共中央軍委告各中央局、各野戰(zhàn)軍負(fù)責(zé)人電報(bào)，重申保密辦法。他指出：敵人因戰(zhàn)爭(zhēng)節(jié)節(jié)失敗，其警惕性已日益提高，機(jī)要工作也日趨嚴(yán)密，尤其是其密碼編制、電臺(tái)控制的漏洞較前減少，使我偵察工作日益困難，而全國(guó)性反攻正在開(kāi)始，更需要我情報(bào)偵探工作能配合此反攻局面，望重視此事，并嚴(yán)格執(zhí)行規(guī)定。

1948年3月初，周恩來(lái)和任弼時(shí)指示廖志高、汪東興、葉子龍、鄧潔等召開(kāi)中共中央機(jī)關(guān)工作會(huì)議，研究中央機(jī)關(guān)由陜北轉(zhuǎn)移到華北的準(zhǔn)備工作。隨后，周恩來(lái)審閱批準(zhǔn)了3月8日行政會(huì)議提出的準(zhǔn)備轉(zhuǎn)移的各項(xiàng)規(guī)定，并要求各單位對(duì)轉(zhuǎn)移的消息嚴(yán)加保密。

1948年3月23日，毛澤東、周恩來(lái)、任弼時(shí)等東渡黃河，3月24日到達(dá)三交鎮(zhèn)的雙塔村(中共中央后方委員會(huì)駐地)。3月25日下午，周恩來(lái)召開(kāi)中央機(jī)關(guān)人員大會(huì)。傳達(dá)了由雙塔村轉(zhuǎn)向西柏坡的路線和注意事項(xiàng)。他強(qiáng)調(diào)“這次行軍，大部分同志要步行，要翻山越嶺，還要經(jīng)過(guò)太原附近的游擊區(qū)。大家要有敵情觀念，要遵守三大紀(jì)律、八項(xiàng)注意。”

1948年1月下旬，周恩來(lái)在米脂縣楊家溝所住的窯洞里主持召開(kāi)了楊家溝通信保密會(huì)議。會(huì)議開(kāi)始前，毛澤東來(lái)到窯洞，看望了參加會(huì)議的同志，并對(duì)大家講：搞好通信保密工作很重要，周副主席召集大家開(kāi)會(huì)，有什么問(wèn)題你們好好研究解決。這次會(huì)議實(shí)際上是小河會(huì)議的延續(xù)，目的是繼續(xù)同國(guó)民黨軍的偵察測(cè)向做斗爭(zhēng)，系統(tǒng)總結(jié)通信機(jī)要保密工作經(jīng)驗(yàn)，迎接更為繁重的工作任務(wù)。會(huì)議開(kāi)始后，周恩來(lái)強(qiáng)調(diào)：通信保密工作最近出現(xiàn)一些情況，大家都已知道?，F(xiàn)在就要大家來(lái)想辦法，擺脫敵人的偵察測(cè)向，變被動(dòng)為主動(dòng)。針對(duì)存在的問(wèn)題，與會(huì)同志提出了改進(jìn)措施。會(huì)議結(jié)束時(shí)，周恩來(lái)作了小結(jié)，把加強(qiáng)通信保密的措施概括為 “四言八句”：劃清系統(tǒng)，調(diào)整人員，改裝機(jī)器，變化手法，模仿敵人，多種呼波，嚴(yán)守紀(jì)律，加強(qiáng)保密。

遼沈戰(zhàn)役結(jié)束后不久，我軍在華東地區(qū)發(fā)起淮海戰(zhàn)役。我軍通信部門(mén)高度重視保密工作，千方百計(jì)避免電訊信息泄露。戰(zhàn)役開(kāi)始前，華東野戰(zhàn)軍各電臺(tái)統(tǒng)一更改了呼叫密碼，調(diào)換了人員和機(jī)器。

1948年11月6日，淮海戰(zhàn)役正式打響。在圍殲杜聿明集團(tuán)時(shí)，我軍將敵人3個(gè)兵團(tuán)嚴(yán)密包圍后，發(fā)現(xiàn)敵人對(duì)我軍部隊(duì)的行動(dòng)了解得很詳細(xì)，有關(guān)部門(mén)立即組織力量研究分析泄密原因，并果斷采取一系列措施加強(qiáng)通信保密：一是對(duì)電話線路派出警衛(wèi)武裝，沿線日夜巡查以防竊聽(tīng)；二是對(duì)總機(jī)值守人員加以審查，選擇政治上可靠的同志充任；三是盡量減少電臺(tái)電報(bào)來(lái)往，利用徒步或騎兵傳遞，電臺(tái)多聽(tīng)少呼；四是傳達(dá)部署任務(wù)時(shí)，除必要部分外，禁止全文下達(dá)，并嚴(yán)格使用部隊(duì)代字、代號(hào)；五是加強(qiáng)陣地前沿警戒，嚴(yán)查往來(lái)出入人員。

這些措施實(shí)施后，很快扭轉(zhuǎn)了不利局面。1949年1月12日，杜聿明集團(tuán)全軍覆滅，淮海戰(zhàn)役勝利結(jié)束。